Antes mesmo de nascer, quando ainda estava sendo gerado no útero de Sharon Xavier, Charles teve que enfrentar um Mummundrai - parasitas sem corpo que tentam consumir o feto – e Xavier instintivamente o detém psionicamente em seu primeiro ato consciente.
Seu pai, Brian Xavier, um renomado cientista e sua mãe pertenciam a uma família aristocrática tradicional. Ainda era uma criança quando seu milionário pai morre em circunstâncias suspeitas vítima de um acidente de trabalho em Alamogordo. A mãe, viúva, se casa com Kurt Marko, companheiro de trabalho do marido morto. Com essa união, Cain Marko (depois conhecido como Fanático) passa a ser seu irmão.
Xavier se torna amigo de Carter Ryking (o Hazard), cujo pai também trabalhava em Alamogordo. As duas crianças foram submetidas a testes pelo Dr. Milbury, que nada mais era que o Sr. Sinistro que já sabiam que as duas crianças eram mutantes.
Começa a ter crises de dor de cabeça quando as manifestações de seu poder começam a aparecer, sentiu sua mente recebendo pensamentos de milhões de pessoas de todo o mundo simultaneamente. Isso era mais do que ele poderia suportar, e o jovem Xavier foi forçado a aprender a bloquear seus poderes mentais para não enlouquecer. Seu padrasto espancava sua mãe constantemente e, muitas vezes, fazia o mesmo com Cain e Charles. Anos depois sua mãe veio a falecer.
Com o passar dos anos e a evolução de seus dons mutantes, o jovem Charles passa a ter queda de seus cabelos como efeito colateral de seus poderes, descobriu que Kurt forjou o acidente que matou seu pai e que casou com sua mãe apenas pela fortuna. No momento da morte de Kurt Marko, o padrasto pede perdão a Charles. Cain redobra o ódio por Charles por culpá-lo pela morte do pai. Ainda bastante jovem Xavier já se encontrava totalmente calvo.
Forma os X-men com seus 5 primeiros jovens estudantes: O primeiro a ser convocado foi Scott Summers, o Ciclope; O mais novo era Bobby Drake, conhecido como Homem de Gelo; Warren Worthington, o Anjo, um jovem alado que já se aventurava como herói; o mais velho de todos, o já universitário Hank McCoy conhecido como Fera; e Jean Grey, uma jovem que apesar de ter sido sua primeira estudante foi a última a ser convocada como X-men. Com o grupo formado sua primeira missão foi enfrentar o antigo aliado de Xavier, Magneto, que estava atacando a base americana de Cabo Cidadela.
Por obra do destino, além de Magneto - que tinha recrutado também uma equipe de mutantes, a Irmandade de Mutantes -, os X-Men acabaram enfrentando outros de seus antigos desafetos como Lúcifer e Fanático; este último deixando seus alunos bem feridos. Isso fez com que Charles se questionasse se o que estava fazendo com esses jovens era mesmo o certo a fazer.O grupo era mantido de forma sigilosa, a humanidade não tinha conhecimento da raça mutante e Xavier, apesar de respeitar a mente alheia, muitas vezes apagava a memória relativa ao conhecimento do grupo quando alguém que representasse perigo descobria. Aos poucos Charles abandona essa tática pois além de não ser ética era cada vez mais inevitável que chegasse aos conhecimentos da humanidade.
Xavier descobriu que a Terra seria alvo de uma invasão dos alienígenas Z’Noxx, ele trocou de lugar com o vilão arrependido Morfo (Conhecido por muitos como Changelling) que assumiu o seu papel enquanto se escondia no subsolo da mansão com a finalidade de se isolar e preparar uma defesa para a Terra sem intromissões. A única que sabia dessa troca era Jean Grey. Mas Morfo foi morto durante uma batalha e Jean teve que manter o segredo fazendo todos acreditarem na morte do Professor. Quando os Z´noxx resolveram atacar a Terra, finalmente o Professor Xavier se revelou.
Quando os X-Men foram capturados pela ilha mutante Krakoa, Xavier convoca os mutantes treinados por Moira Mactargget para resgatá-los. Mas a equipe toda é dada como morta na missão. Xavier e Moira escondem o acontecido de todos inclusive de que um dos integrantes era Gabriel Summers (o Vulcano), irmão de Destrutor e Ciclope. Xavier então convoca uma nova equipe de mutantes que ele acompanhava, composta de mutantes de várias partes do mundo. Esta equipe que, entro outros, continha Wolverine, Colossus, Tempestade e Noturno consegue derrotar Krakoa e resgatar os X-Men originais.
Xavier começa a ter pesadelos e visões sombrias sobre galaxias muito distantes e seres espaciais em guerra. Era a princesa dos Shia’rs conhecida como Lilandra Neramani tentando entrar em contato com ele. Até que um dia ela se materializa para ele e diz que, mesmo sem conhecê-lo, existe um vínculo psíquico entre eles desde o dia que Xavier uniu a mente de todos os habitantes da Terra para evitar o ataque Z’Noxx. Os dois se apaixonam, o amor deles transcendia qualquer distancia.
Acreditando que seus X-Men estavam mortos numa aventura no espaço, Charles reuniu um grupo de mutantes adolescentes e formou os Novos Mutantes.
Foi infectado pela Ninhada, e para impedir que ele fosse permanentemente dominado pela raça alienígena, foi enviado para a galáxia Shiar. A imperatriz Lilandra Neramani ordenou que Sikorsky e a Dra. Moira MacTaggert realizassem todos os esforços para salvar a mente de Xavier que ainda vivia num corpo da Ninhada. Assim, foi criado um clone mais novo, e sua mente foi transferida para o novo corpo. Dessa forma o mentor dos X-Men e Novos Mutantes foi salvo, e seu novo corpo guardava uma surpresa, ele podia andar. A partir de então, passou a ser mais atuante na equipe, participando das missões em campo.
Charles descobre que tem um filho, porém não teve muita facilidade de tratá-lo como tal. David Charles Haller, ou Legião, sofria de múltiplas personalidades. O jovem entra no difícil processo de reintegração de sua personalidade e de cura de todos seus transtornos psicológicos. Professor promete nunca mais abandoná-lo, porém não cumpre a promessa.
Os X-Men revelaram ao Professor que a Terra estava sendo dominada pelo Rei das Sombras, que havia se apossado do corpo de Legião. Assim, Charles retornou ao planeta com os X-Men e com a ajuda do X-Factor enfrentaram todos a terrível ameaça. Em um dramático combate no plano astral, a coluna do professor foi fraturada pelo Rei das Sombras e ele voltou a ficar paralítico, mas o sacrifício salvou a todos da ameaça. Com o retorno de Charles Xavier na liderança, os X-Men se fortaleceram novamente e foi dividido em duas equipes: A equipe azul e a dourada.
Professor X é um mutante nivel ômega, que possui vastos poderes telepáticos, e está entre os mais poderosos telepatas no Universo Marvel.Telepatia:Professor X é capaz de ler os pensamentos de outros ou projeta seus próprios pensamentos, dentro de um raio de aproximadamente 250 milhas (400 km). Ele pode aprender línguas estrangeiras através da leitura de língua localizada no centros do cérebro de alguém, e alternadamente "ensinar" outras línguas.,para outras pessoas.
Rajada psiônica: e a capacidade de projetar rajadas de força psiônica que afetem a mente da vítima sem efeitos físicos, causando dor, deixar a vítima inconsciente ou até mesmo matando-a.
Rastreamento: é a habilidade de sentir, rastrear humanos e mutantes num raio de 400 km. Com a ajuda do cérebro ele pode localiza uma pessoa no planeta inteiro.
Manipulação da Memória: Habilidade de manipular a memória de seres vivos, chegando ao ponto de fazê-las esquecer tudo ou parte de suas memórias, dar mais importância a algumas memórias, ou criar memórias falsas
Controle Mental ou Manipulação Mental: É a habilidade de colocar um pensamento na cabeça dos outros para controlar suas ações e raciocínio. Pode ser evitado por técnicas anti-telepáticas, como raiva excessiva ou foco em um único objetivo.
Projeção astral:Capacidade para deixar seu corpo com vida e ficar como espírito.
Ilusão Telepática: Habilidade de criar ilusões telepáticas realísticas e fazer as pessoas vivenciarem eventos que não estão realmente acontecendo.
Paralisia Mental: Capacidade de induzir paralisia física ou mental temporária.
Anulação de Habilidades: é a habilidade de gera barreiras psíquicas na mente dos outros mutantes capaz de bloqueai uma parte dos seus poderes ou bloqueá-lo completamente o impedindo de usa suas habilidades.
Ventriloquismo: Pode usar sua mente para dominar a mente de outra pessoa, podendo agir com seus próprios pensamentos mas usando o corpo da vítima fala o que pensar mas com a voz e pela boca da vitima.
Memória Eidética: É a capacidade de armazenar e processar vastas quantidades de informação em sua memória, dando a ela uma capacidade de aprendizagem sobre-humana, essa habilidade pode torna seu usuário nem verdadeiro gênio.
Camuflagem Psíquica:Capacidade de alterar a aparência física aparente de si e dos outros, alterando as percepções dos que os rodeiam. Isso pode ir tão longe para fazer as outras pessoas acreditarem que o personagem não está lá, e sim camuflado (invisível). O único limite a essa possibilidade, se houver, só é imposto pelo número de pessoas se um telepata está a tentar enganar, e não o número de pessoas que na verdade é uma telepata camuflagem.
Intuitivo Multilíngue Com suas habilidades telepáticas ele pode traduzir outras línguas como,exemplo se ele fala língua nativa dos americanos, e se estiver rodeado de pessoas que falam Português ele pode simplesmente conseguir ler todos aquelas mentes em auta-velocidade a ponto de traduzir língua nativa deles,podendo falar Português muito bem, além de poder ensinar telepaticamente outras pessoas com a mesma tecnica.
Roubo de Informação:Capacidade de obter rapidamente e armazenar informações, por transferência mental, ou seja, obter muitas informações com o poder mental, além de colocar grandes quantidades de informação em outra mente.
Cura Traumas:Capacidade de apagar memórias de uma pessoa e para curar o traumas mentais através de uma "cirurgia psíquica", o poder de estimular ou enfraquecer os centros de dor e prazer no cérebro de uma pessoa.
Ligação Mental:Capacidade de desenvolver uma ligação mental com qualquer pessoa, que permanece como uma conexão para aquele tempo individual após a ligação é interrompida.
Alteração mental: Capacidade de alterar a mente dos outros por pura força de vontade, permanentemente mudando sua personalidade de forma parcial ou totalmente.
O personagem foi inspirado em Martin Luther King
Seu nome foi inspirado em Saint Francis Xavier
É um dos telepatas mais fortes do mundo (ou do universo Marvel) junto com Jean Grey, Emma Frost, Sr. Sinistro e Exodus.
